<script type="javascript">
<![CDATA[
    var template = "<script type=\"javascript\">prompt(\"Hello\",\"world\");<\/script>"
    var hoge = document.getElementById("sage");
    hoge.innerHTML = template;
]]>
</script>
<div id="sage">
</div>

上記のようにJavaScriptが書かれた文字列をHTML文中に流し込んでも、
そのJavaScriptは実行されない。
こういったことをしたい場合、

  1. 流し込むタグにハンドラをつけて、クリックしたときに動作させる
  2. サーバサイドから文字列を流し込んでもらう

この2種類のどっちかで回避。